2022年7月28日 (木)

新型コロナウイルス、変異株

2022年7月下旬、日本は世界で一番新型コロナ感染者が出ている国です。米国よりも多い。桁違いに少なくてファクターXがどうとか言っていた頃からすると信じられないくらいの状況です。

新型コロナウイルスSARS-CoV-2は、流行する変異株が次々に置き換わりながら流行しています。2021年春の第4波はアルファ株、2021夏の第5波はデルタ株がメインの流行でした。2021年~2022年冬からの第6波、夏の第7波はオミクロン株がメインの流行ですが、オミクロン株といっても、第6波は亜系統のBA.1とBA.2によるもの。その後感染力が強い亜系統BA.5が入ってきたため、感染者が急増して第7波となっています。

BA.1、BA.5はPangoの系統名。デルタ株、オミクロン株はWHOが重要な変異株に付ける名前です。Pangoは、研究者のグループThe Pango Networkによって運営されています。

ゲノム情報を分析し、新しい系統に分かれたと判断されると、新しい名前が付けられます。Pangoの系統の名前(Pango lineages)は、アルファベットと数字の組み合わせで、最初はAとBの二つの株から出発しています。オミクロン株は、B.1.1.529ですが、数字は三つまでときまっているので、これから生まれた系統には、BA.1、BA.2、と名前がついて、BA.5は5番目に名付けられた株。最近、感染力がさらに強いといわれケンタウロスと俗名がついているのはBA.2.75で、BA.2から生まれた75番目の変異株です。これらは、WHOの名前としては全部オミクロン株に含まれます。

新型コロナウイルスの変異株の名前としては、NextstrainのCladeも使われます。二つが全然違う型になるわけではなく、PangoのBA.5はNextstrainでは22B、というようにだいたい対応関係があるようです。Nextstrainのクレード名は、数字(年)とアルファベットでつけられています。



Rules for the Designation and Naming of Pango Lineages

cov-lineages.org Pango lineages

Nextstrain

2021年1月30日 (土)

レスポンシブwebデザイン、最初の一歩

htmlファイルとcssファイル、二つのファイルによるシンプルなレスポンシブwebデザインをやってみます。表示領域が広い場合と狭い場合についてのデザインをcssファイルに書いておき、表示画面が狭い場合(スマホを想定)、狭い場合のデザインが使われるようにします。

1 viewportを設定
htmlファイルのhead要素に

<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">

を追加。
読み込ませるcssファイルについても記述。

<link rel="stylesheet" href="style.css" type="text/css">

2 cssファイル
style.cssの中に、画面の幅が狭い場合のスタイルを記述します。

@media (max-width: 740px) {

/* 画面幅が740px以下の場合のスタイル */


}

共通のスタイルはこの外に普通に記述します。画面幅が740px以下の時だけ、ここの中が使われます。

3 例
バナー画像が二つ、幅広のimg1.jpgとスマホ用に幅の狭いimg2.jpgがあって、これを切り替える場合。htmlファイルに画像の表示について二つ記述し、クラス名をつけておきます。

<img class="pc" src="img1.jpg" alt="バナー">

<img class="sp" src="img2.jpg" alt="バナー">

style.cssには次のように記述します。通常はクラス名pcの要素の方が表示され、幅740px以下の場合はspの要素の方が表示されます。

.pc {display: block;}

.sp {display: none;}


@media (max-width: 740px) {


.pc {display: none;}


.sp {display: block;}


}

4 動作確認
ちゃんと切り替わっているかどうかは、パソコンのブラウザでhtmlファイルを表示して
幅を狭くしてみるとわかります。ブラウザで各種デバイスやOSの見え方を確認できる機能が便利です。
Chromeだと、表示→開発/管理→デベロッパーツール
Safariでは、開発→レスポンシブ・デザイン・モード

参考サイト
CSSでメディアクエリの基本的な書き方、記述の意味を理解し、「何となく使う」を卒業する
今さら聞けない!レスポンシブデザインの対応方法
PCとスマホで違う画像に切り替える方法!CSSだけで簡単画像切り替え!

参考書

2020年1月24日 (金)

Raspbian、CLIで起動することにしたけどstartx できなくて対処

Raspbian は、FullインストールすればGUI環境、日本語フォント、日本語入力システムも入っていて、GUIで起動します。しかし、主にリモートで使ったりCLIでよいのなら、CLIで起動するようにしたほうがよいと思います。Linuxの動作モードを以前はランレベルといっていたけど、最近、initではなくsystemdになって、targetというみたいです。Raspbian stretchもそうです。

起動時はCLIにする

現在の状態を確認するには、

$ sudo systemctl get-default

GUIで起動する場合はgraphical.targetと出ます。ランレベル5相当。CLIで起動する(ランレベル3相当)にするには、これをmulti-user.targetにします。

$ sudo systemctl set-default multi-user.target

これで、CLIで起動するので、ログインして、GUIで使いたい時は

$ startx

でよい。CLIに戻る時は、左上のイチゴマーク→shutdownから選択できます。

startxできないのを何とかする

デフォルトのユーザーpiはstartxができるのですが、自分で作った一般ユーザーではこれが失敗する。sudo startxなら見た目GUIになるのですが、sudoでこんなことするのは変。ユーザーpiは

$ groups pi

で見ると沢山のグループに属しており、その辺が関係ありそうなので、使いたい一般ユーザーも同じ全てのグループに入れてみた。すると、問題なくstartxできるようになりました。グループに入れるのは、usermodコマンドでもよいけど、/etc/group を編集する方が手っ取り早いかも。
 


参考サイト

systemdになってinitがなくなったのでランレベル設定に困った 寝ても覚めてもこんぴうた

ランレベルはどこへ行った? bonde.net


2020年1月23日 (木)

Raspberry piのHDMI不調で公式ディスプレイを使ってみた

Raspberry pi3 B+とRaspbian stretchを使っていましたが、HDMI端子にモニターをつないでみたら画面が出ない。テレビにつないでもダメで、前にモニターを使ったのは随分と前で、普段はSSHでリモートログインなので気がつかなかったのです。この際だからと公式7インチタッチディスプレイを購入してみました。これはリボンみたいなケーブルをDISPLAY端子に接続します。これだと、ちゃんと画面が出ましたので、HDMIだけの不調みたい。ディスプレイのつなぎ方は難しくはないのですが初めてだと少し戸惑います。こちらのページを見るとわかりやすい。

最初、画面にが上下逆に映ったので直しました
/boot/config.txt に追加

lcd_rotate=2

ログイン直後のCLIで日本語が使えないので、
uim (入力メソッド)
uim-anthy (かな漢字変換)
jfbterm (日本語フレームバッファターミナル)
をインストールしました。

$ sudo apt-get install uim uim-anthy jfbterm

これで、jfbtermを実行すれば日本語が使えます。自動起動してもよいけどそこまでは必要ないかな。


参考サイト

Raspberry pi3に7インチ タッチ・スクリーン ディスプレイを接続する コドモとアプリ


2019年6月23日 (日)

Raspberry Piメモ:RaspbianをSSDにインストール

Raspberry Pi はSDカード(microSD)にシステムを入れるのが普通なのですが、USB大容量ストレージも使えます。3B+からは、特に設定をしなくてもUSB接続機器からの起動が可能です。Linuxパソコンとして使用するのならSSD等にOSをインストールする方が良いような気がします。ということで、SSDを使用することにしました。

CentOSを使っているので、試しにSDカードの時と同じ手順でSSDに入れてみたのですが、これをRaspberry Piにつないで起動しようとすると、虹色画面の次のイチゴ4コ画面まではいきますが、ダメでした。ネット上で、HDDやSSDにCentOSを入れてRaspberry Piで使っている事例をみてみると、起動にSDカードを使っていたり、SDカードにインストールしたものをSSDにコピーしてインストールするもので、素直にはいかないようです。RaspbianならHDDやSSDへも普通にインストールできますので、Raspbianを使うことにしました。

使用機器等
Raspberry pi 3B+
SSD BAFFALO SSD-PM120U3A-B
パソコン(Mac):OS X 10.11.6 El Capitan
Raspbianのファイル 2019-04-08-raspbian-stretch.img

SSDの準備。MacにSSDをつなぎ、ディスクユーティリティを用いて初期化。ファイルシステムはFAT32、パーティションの形式はマスターブートレコード。

SSDの認識名を確認しておきます。
$ diskutil list

SSDをアンマウントしておきます。
$ sudo diskutil unmount /dev/disk3

RaspbianイメージファイルをSSDにコピーします。
$ sudo dd if=2019-04-08-raspbian-stretch.img of=/dev/rdisk3 bs=1m

SSDをRaspberry Pi につなぎ、SDカードは無しで電源を入れると、初期設定が始まります。必要な事項を対話的に入力していくと、インストールは完了です。


How to boot from a USB mass storage device on a Raspberry Pi Raspberry Pi Foundation


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